和锦江书院一样,尊经书院也是一所官办书院。其学生由四川省内各府按比例在秀才、贡生中选送,书院择优录取。但是,和锦江书院不同的是,尊经书院并不以科举为目的,而更注重培养学生的真才实学。书院创设之初,本着“中学为体,西学为用”的方针,原拟设天文、地理、算学及格致等课,但因风气未开,师资不够,最终成为经、史、词章人才的培养之所。