第十三舰队的前身是自由行星同盟宇宙军第四,第六舰队.在亚斯提会战中第四,第六舰队遭到帝国军重创,战后西德尼·席特列元帅命令统合作战本部将第四舰队,第六舰队残存的兵力整合在一起组成第十三舰队,交给刚刚晋升少将的杨威利指挥.
亚姆利扎会战后第十舰队,第二舰队的残部并入第十三舰队,同时舰队奉统合作战本部的命令调至伊谢尔伦要塞以防备帝国军的入侵,第十三舰队更名为伊谢尔伦要塞驻留舰队.从第十三舰队创建之初直到巴米利恩会战结束为止,自由行星同盟军大部分的胜利都是由第十三舰队和他们的指挥官奇迹的杨带来的.
巴米利恩会战同盟军失败后,按照《巴拉特和约》中的规定第十三舰队被强制解散,但舰队中部分新锐战舰,宇宙航空母舰却在巴米利恩会战结束前按照杨的计划,由梅尔卡兹一级上将隐藏起来.这些隐藏起来的舰队构成了日后艾尔·法西尔革命政府军的核心战力.在杨,亚典波罗中将,先寇布中将等人从同盟首都海尼森脱出后不久第十三舰队的余部与前第十三舰队高层一起加入了艾尔·法西尔革命政府.
杨威利遇刺身亡后第十三舰队更名为伊谢尔伦共和政府军,由达斯提·亚典波罗中将指挥,直到战争结束.
第十三舰队的旗舰在巴米利恩会战前是休伯利安,巴米利恩会战后是尤里希斯.