天汉二年(公元前99年),正当司马迁全身心地撰写《史记》之时,却因李陵事件,而受到宫刑。宫刑它是中国五大酷刑之一,也是最残酷的刑罚之一。执刑人用刀子剜掉受刑男子的睾丸,如果受刑者是女的,那么,这么女性将永远地失去生育能力。总之,这是一种对人格施以极大侮辱的酷刑。
这年夏天,武帝派自己宠妃李夫人的哥哥、二师将军李广利领兵讨伐匈奴,另派李广的孙子、别将李陵随从李广利押运辎重。李陵带领步卒五千人出居延,孤军深入浚稽山,与单于遭遇。匈奴以八万骑兵围攻李陵。经过八昼夜的战斗,李陵斩杀了一万多匈奴,但由于他得不到主力部队的后援,结果弹尽粮绝,不幸被俘。
李陵兵败的消息传到长安后,武帝本希望他能战死,后听说他却投了降,愤怒万分,满朝文武官员察言观色,趋炎附势,几天前还纷纷称赞李陵的英勇,现在却附和汉武帝,指责李陵的罪过。汉武帝询问太史令司马迁的看法,司马迁一方面安慰武帝,一方面也痛恨那些见风使舵的'大臣,尽力为李陵辩护。他认为李陵平时孝顺母亲,对朋友讲信义,对人谦虚礼让,对士兵有恩信,常常奋不顾身地急国家之所急,有国士的风范。司马迁痛恨那些只知道保全自己和家人的大臣,他们如今见李陵出兵不利,就一味地落井下石,夸大其罪名。他对汉武帝说:"李陵只率领五千步兵,深入匈奴,孤军奋战,杀伤了许多敌人,立下了赫赫功劳。在救兵不至、弹尽粮绝、走投无路的情况下,仍然奋勇杀敌。就是古代名将也不过如此。李陵自己虽陷于失败之中,而他杀伤匈奴之多,也足以显赫于天下了。他之所以不死,而是投降了匈奴,一定是想寻找适当的机会再报答汉室。"
司马迁的意思似乎是二师将军李广利没有尽到他的责任。他的直言触怒了汉武帝,汉武帝认为他是在为李陵辩护,贬低劳师远征、战败而归的汉武帝李夫人的哥哥李广利,于是下令将司马迁打入大牢。
司马迁被关进监狱以后,案子落到了当时名声很臭的酷吏杜周手中,杜周严刑审讯司马迁,司马迁忍受了各种肉体和精神上的残酷折磨。面对酷吏,他始终不屈服,也不认罪。司马迁在狱中反复不停地问自己"这是我的罪吗?这是我的罪吗?我一个做臣子的,就不能发表点意见?"不久,有传闻说李陵曾带匈奴兵攻打汉朝。汉武帝信以为真,便草率地处死了李陵的母亲、妻子和儿子。司马迁也因此事被判了宫刑。
据汉朝的刑法,死刑有两种减免办法:一是拿五十万钱赎罪,二是受"腐刑"。司马迁官小家贫,当然拿不出这么多钱赎罪。腐刑既残酷地摧残人体和精神,也极大地侮辱人格。司马迁当然不愿意忍受这样的刑罚,悲痛欲绝的他甚至想到了自杀。可后来他想到,人总有一死,但"死或重于泰山,或轻于鸿毛",死的轻重意义是不同的。他觉得自己如果就这样 "伏法而死",就像牛身上少了一根毛,是毫无价值的。他想到了孔子、屈原、左丘明和孙膑等人,想到了他们所受的屈辱以及所取得的骄人成果。司马迁顿时觉得自己浑身充满了力气,他毅然选择了腐刑。面对最残酷的刑罚,司马迁痛苦到了极点,但他此时没有怨恨,也没有害怕。他只有一个信念,那就是一定要活下去,一定要把 史记写完,"是以肠一日而九回,居则忽忽若有所亡,出则不知所往。每念斯耻,汗未尝不发背沾衣也。"正因为还没有完成史记,他才忍辱负重地活了下来。