元始天尊身为天庭大天尊，为啥要跪拜如来佛祖？

因为如来佛祖帮助天界很大一个忙，收服了孙悟空，所以玉皇大帝非常感激他，就带着所有神仙，包括原始天尊一起来叩拜如来佛祖。

因为如来佛祖的辈分比元始天尊略微高了那么一些，所以他在看见如来佛祖的时候，还是要行礼的。

因为如来佛祖是三界最强之人，比元始天尊还要强，所以要跪拜如来佛祖。