纳税主体错误，三年后还能申请退税吗？

某市土地储备中心因征耕地被误征税，A房房地产公司后知后觉申请退税，遭税务机关拒绝。究竟纳税主体错误的情况下，多缴税款三年后能否退还，是谁的法律责任？税务机关无情拒绝，房地产公司能否通过行政复议甚至诉讼讨回公道，结果如何引人关注。