8千年前南澳岛上就有信拿人类生活。
西汉元鼎6年(前111年)南澳归南海郡揭阳县管辖。
南桐坦缓澳岛本为闽越地,后秦汉为了削弱闽越,将其划给南越管辖, 南朝梁朝普通四年,西元523年,划入东扬州,划入福建,南澳岛全属福建。南朝陈,继续划入福建。隋文帝开皇十一年(591年),全国局模撤郡设州,义安郡翌年,改名“潮州”。隋朝开皇十二年(西元592年),潮州划入福建,那时潮州叫义安郡。唐贞观三年,西元629年再次划入福建,隶属江南道福建经略史。唐朝中期时潮州汕头一带曾经隶属福建,属闽州都督府、福州都督府和福建节度使等,南澳岛全属福建,明万历三年(1575年),南澳岛分属福建,广东,设南澳副总兵,即“协守漳潮等处驻南澳副总兵”,分广东、福建两营。 清康熙二十四年(1685年)升设南澳总兵,管辖闽南、台湾、粤东海域军事,南澳岛仍然分广东、福建管辖。直到1914年,南澳全岛才划给广东。
明万历三年(1575年)诏设南澳副总兵,分广东、福建两营。
清康熙二十四年(1685年)升设总兵。
清雍正十年五月丙子(1732年6月12日)设饶平县南澳厅。
民国元年(1912年)7月改南澳厅为南澳县。
1914年10月,全县原由广东、福建分治划归广东省管辖。
1918年2月13日,南澳大地震,深澳县城夷为平地。
1927年,县城从布袋深澳移至隆澳(后宅)。