元丰二年(1079),出任河北常平仓提举。以新法为典范,增订《损役法》五十一条,为神宗所赏识,赐给银绯,晋任京东路(治所在今河南商丘南,后分东、西两路)转运判官,不久,又升副使、转运使。朝廷大兴盐铁,他竭尽心力,政绩卓著,受到神宗帝器重。此时,朝廷大兴盐铁贸易。吴居厚发挥其善于理财的特长,精心筹划,竭尽心力,征得赋银数百万。鼓励莱芜、利国二地官员自铸大钱,每年可获得10万缗(一缗为一千文钱)收入。神宗对其进行褒奖,升为天章阁待制。
元丰四年(1081),任京都转运使。在任期间,以盐铁赋税之利购置绢品,资助河东换马牧养;拨出大铁钱20万缗,支援陕西边关军饷;召募牧民养牧马匹,进而安置游民散夫。神宗嘉誉其“于职分之外,恤及他路,非才智有余不能”。
哲宗即位后,王安石新法受阻,吴居厚亦遭弹劾,被贬为黄州(治所今湖北黄冈县)亮困团练副使,不久转知庐州(治所今合肥)。
绍圣元年(1094),吴居厚以集贤殿修撰起用为江、淮、荆、浙转运使,掌管东南六路漕运,兼管制茶、盐等事。他随即疏浚运河,楚海二州农田亦受其利。在任上,他疏浚运河,以利漕运和灌溉农田,为此升户部侍郎、户部尚书。后晋光禄大夫,以中书侍郎加门下侍郎。二年(1095),以龙图阁学士知开封府。不久,奉旨修永泰陵(宋哲宗赵煦的陵墓),出任桥道顿递使。其间因久雨耽误了竣工期限,被贬知和州(今安徽和县)。后为陕西转运使,复任开封府尹。
崇宁二年(1103)四月,吴居厚晋封中大夫,官拜尚书右丞。三年九月,为右光禄大夫、尚书右丞加中书侍郎。五年(1106)正月,以右光禄大夫、中书侍郎加门下侍郎。大观元年(1107),因年高告退,以资政殿学士改任鸿庆宫提举、东太一宫使,恩许仍服团金毬文带。后知亳州、洪州,改太原道都门、佑神观使。四年(1110)八月,以资政殿学士、宣奉大夫、佑神观使加门下侍郎;十月,迁知枢密院事。
政和三年(1113)正月,以武康军节度使知洪州,四年(1114)病逝。徽宗追赠他开府仪同三司,赐御敬碰念葬于进贤麻山,魂归故里。一生著有《吴居厚集》一百卷(《宋史·艺文志》)、《吴居厚奏疏》吵闹一百二十卷,已佚。 事见《丹阳集》卷一二《枢密吴公墓志铭》,《宋史》卷三四三有传。
淮阴市文物保护单位,位于城西北河下打铜巷。故居占地面积4500平方米,有正厅、射阳簃、陈列厅、堂屋及门厅、厢房、花廊等建筑。故居内陈列有部分吴墓出土文物,有吴承恩塑像及部分名人字画。吴承恩墓在马甸乡二堡村。墓区呈方形,范围约2000平方米。墓基封土直径5米,高1.4米,基前竖有1.5米高的墓碑,上书“荆府纪善吴公承恩之墓”。墓南建有4柱3门的牌坊,柱高8米,横坊书“吴承恩墓”。墓西建有四方亭,飞檐翘角,边宽2.4米,通高5米,可供游人小憩。
观海卫镇的西房村,在众多民宅的包围之中,有一幢并不起眼的晚清旧宅。这座极为普通的晚清建筑,是吴锦堂东洋发迹后回乡营造的故宅。
老宅坐北朝南,穿斗式木结构二层楼,五开间,外加左右厢房各两间,屋前为青石板铺就的天井,十足的慈溪乡间中式建筑。房屋用材并不粗壮,风格朴实无华,木质门窗廊柱皆为当年原物,苍劲粗砺。门楼正面镌刻有“恒月升日”字样的砖雕,背面为“馥桂芬兰”4字。