《风云战国之枭雄》的剧情:
开始游戏后进行的先是序章,序章剧情以迪加奥特曼剧场版《最终圣战》为开头而引发的故事,三个远古巨人由于邪恶力量的影响而复苏,超人迪加赶赴战场战斗。随后其余世界的角色也因此受到牵连而聚集在一起,将初期敌人一扫之后,幕后黑手出现,但是力量异常的强大,我方角色仅一击就被击倒。生死存亡关头,一个驾驶着战舰诺宾・诺亚的神秘少年的出现,拯救了无力的英雄,从而脱离了战场。少年名叫阿尔夫罗迪塞欧,为了阻止世界毁灭而在各地旅行的,从他口中得知幕后黑手叫萨姆波罗戴斯,是个用穿越时空周游各次元的邪恶人物,并以袭击各种世界为目的,塞欧自己的故乡拉缇亚也已被萨姆波罗戴斯毁灭,使其复活的方法就是夺回“拉缇安宝珠”,但塞欧一个人毕竟孤掌难鸣,所以需要得到各位英雄协力相助,复活故乡并阻止萨姆波罗戴斯袭击其他世界为使命而展开的故事。