中国农科院给黄瓜建了一个多组学综合数据库

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黄瓜是葫芦科的重要经济蔬菜作物，也是研究植物性别决定、维管束形成的重要模式系统。而受当时测序技术及组装方法的限制，当前版本仍然有大量未知序列和72个缺口。与此同时，这些重复序列也严重影响基因注释的准确度，黄瓜参考基因组质量亟待提高。

为此，中国农业科学院蔬菜花卉研究所张圣平团队利用超产测序数据，结合遗传图谱和Hi-C测序数据进行组装调整和验证，除一个位于2号染色体的缺口外，其他6条染色体均为一条连续序列，获得了黄瓜参考基因组近完成图。

基于以上研究，该研究搭建了第一个黄瓜多组学数据库，囊括了重要的黄瓜泛基因组、核心种质变异组和转录组数据，开发了数十个实用分析工具，为科研人员提供一站式服务。通过这个数据库，可以同时获得12个不同黄瓜种质基因组序列和基因模型信息、核心种质资源变异数据、驯化选择区间、基因及转录本表达谱可视化、可变剪切信息、共表达调控网络及下游靶基因预测等相关数据和工具。