元军由蒙古人,高丽人,汉人组成,彼此语言都不通,主帅互相猜忌。主帅也不熟悉海战。可以说是一锅大杂烩,乌合之众。
现经过考古发现元军战船多为适合内河航运的平底船,而不是远洋船,所以在台风中容易倾覆。进一步的考古又提供了许多新发现。大汗忽必烈下令动员攻击日本, 只给了一年的准备时间。在短短的一年时间里, 要造出4400只船来, 对于当时还没有形成大规模生产能力的古代工匠来说, 造船技术再高明, 也没有实现目标的可能。为了达成数目, 只好粗制滥造, 甚至滥竽充数。造成元军在台风中损失惨重。
元军败退的主要原因是武士的顽强抵抗,而不是许多网文说的是神风。