旗舰是一个统称,任何实际起到指挥作用的舰艇都可以称做旗舰。但一般而言,一个舰队中只有一条主要旗舰(即舰队指挥官长期乘坐的舰艇),同时也会指定某些舰艇为预备旗舰,以应对一些特殊情况。同时对于大舰队而言,可能下辖几个分舰队,因而除了总旗舰外,每个分舰队也都有对应的旗舰进行指挥。