该剧主要讲述了很久很久以前,第一位幻影旋转术大师使用了四把威力强大的黄金武器创造了忍者世界;这四把黄金武器的威力无比强大,它们分别是地裂镰、闪电双节棍、火焰剑、以及寒冰飞镖,他的两个儿子发誓用生命来保护这四把黄金武器,但是哥哥加满都的心中充满黑暗,妄图将它们占为己有。[
当时城市被黑恶势力笼罩,忍者神龟们以打败那些害人的恶势力作斗争
曾经有一群人借住魍魉之力差点毁灭了世界。而如今,这群魍魉借由不知是谁的帮助而再次复活……这次鸣人的任务是,保护被魔物们盯上的鬼之国的巫女--紫苑。紫苑拥有两种特殊能力。一种是能够将复活了的魍魉再次封印的能力。而另一种是能够预言他人死亡的能力。
而今其“死之预言”一次都没有失误过的紫苑对鸣人说到:“鸣人,你会死。”被紫苑预言要死的人,想要逃脱死亡的命运的方法只有一个。那就是作为预言者的紫苑死了,预言自然就解脱了。但是,紫苑死了的话,也就意味着唯一能够将魍魉再次封印的可能性没有了,而世界也将因此毁灭。于是鸣人向那绝对逃脱不了的“死之预言”发起了挑战于是鸣人迎来了他的死亡……
琳的背景故事是因为宇智波斑想把带土带入黑暗,用幻术使得其他忍者追杀琳,琳其实并没有被植入尾兽,当然究极风暴里有人柱力野原琳,琳在幻术下为了保证自己不尾兽爆发,撞到卡卡西的千鸟上,死了,着断章取义的一幕正好被带土看到。野原琳只是为了宇智波斑误导带土的牺牲品