维新政府建立后的某一天,在一个小村庄里,剑心遇见了一位美丽的少女神谷熏.交谈中得知有个叫此留间五兵卫的人冒充拔刀斋在村里作恶,阿熏手拿竹刀与 之拼命,但不是对手.五兵卫手起刀落,眼看阿熏性命难保,千钧一发之际,一个人影风驰电掣般闪过,五兵卫劈了个空,而阿熏已在一位英俊的红发少年怀中. 阿熏见救自己的竟然是一位拿逆刃刀的少年武士,而且还说自己就是杀人无数的刽子手拔刀斋,她很想知道剑心为什么不再杀人,她也很想了解剑心的过去,她希望剑心结束流浪生活,在道场安家,用剑去实现保护受苦受难的人的愿望. 阿熏把自己的身世告诉了剑心,她父亲是神谷活心流传人,一直遵循以剑活人,以剑救世..
该故事发生在明治维新初年的东京。主人公绯村剑心在幕末是维新派的刽子手,人称“拔刀斋”,杀人无数。在新时代,他使用一柄逆刃刀四处流浪,立志不再杀人。在东京的神谷道场,剑心遇到了阿薰及一帮朋友们。他是否找到了呢——剑的方向,心的归属。
逆刃之剑,也许是想就这样悄悄的藏住自己的锋芒的,可是剑终归是剑,能够出鞘的剑就更没有理由来说自己已经把自己隐藏得很好。
也许是想避开那些权利的争斗,也许是想避开无谓的纷扰,可是拔刀斋始终是属于那个一开始就被叫做拔刀斋的人,就算有人能够继承,就算别人能够抢去这样的名号,但是人们提起这个名字,脑海里还是一个火红的背影。