遗址经历了1990年、2001年、2002年等多次考古发掘,出土了大量陶器、石器、木(竹)器、骨角器,发现了灰坑、黄土台、残存墙体等建筑遗迹,尤其是发现了独木舟及相关木作加工遗迹。专家确定为一处内涵丰富、文化面貌独特的新石器时代早期遗址。遗址的位置处在于古湘湖跨湖桥西,且在跨湖桥自然村中,故把遗址定名为“跨湖桥遗址”。由于有两次考古发掘的成果,并在专家建议下,于次年5月举办了影响深远的“跨湖桥遗址学术研讨会”、“跨湖桥遗址考古发掘新闻发布会”和“跨湖桥遗址考古发掘成果展”;2002年又被国家文物局评为“2001年度全国十大考古新发现”。
跨湖桥遗址的年代早于河姆渡遗址,文化面貌独树一帜,不同于中国东南沿海地区原有的其他考古学文化,是一种新的发现。遗址内涵丰富,特征明确,整体性强。除跨湖桥遗址外,还在附近地区发现了与跨湖桥遗址同类型的下孙遗址,并对下孙遗址进行考古发掘。在2004年12月召开的跨湖桥考古学术研讨会上被命名为“跨湖桥文化”。