1959年,吴钊大学毕业。作为北京古琴研究会副会长的恩师查阜西,一心想招吴钊做他仿芦的助手。这时,担任中国音乐研究所所长的杨荫浏开始劝查阜西:“你想招助手,中央音乐学院古琴专业有个学生也不错,你等一年就行了。吴钊呢,我要调他来研究所,和我一起研究中国音乐史。以吴钊的禀赋、艺术修养和传统文化根底,他在这个位置上能更多举大凯发挥他的特长。”就这样,吴钊到了中国音乐研究所(正唤中国艺术研究院的前身)做研究实习员,和自己的老师一起,钻研音乐古籍;深入中国民间和边远山区音乐生活的基层进行调查研究,开始了他一生中国音乐史研究的工作。