卢永根于20世纪60年代初研究稻作遗产资源,划分中国水稻品种的光温生态型和气候生态型。70年代后,从事水稻遗传学的研究。把中国主要籼稻矮源分为2类4群。他捉出“特异亲和基因”的新概念。首次建立原产中国三个野生稻种的粗线期核型。