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进入明代，阁皂宗传承未绝。俞策《阁皂山志》卷上云：“壬辰（1352），山寨邓克明之变，（崇真宫）台基殿俱毁。明洪武（1368～1398）初，道士徐麟洲复之。十七年（1384），授五十代孙李半仙为灵官，王圭石副之。二十七年（1394），复授张尊礼为灵官。宣德（1426～1435）初，授黄谷虚，第五十二代也。至八年（1433），岁饥，有采蕨者遗火，延毁宫观。谷虚稍修复之，嗣后教典不坠。”说明至宣德年间，阁皂宗仍有传绪，其教仍有相当传播，但在此后即趋衰落，以致一蹶不振。上书云：“至嘉靖（1522～1566）中，积负虚税，黄冠星散，仅存一二人。万历（1573～1619）间，道士刘开化欲还旧观，未果。”时“惟仙公殿、东岳殿、丹井尚存，其余琳宫绛阁，弥望丘墟矣。”
至清代，雍正《江西通志》卷一百十一曰：“今所存者惟八景坛基，有碑记及诗。”光绪《江西通志》卷一百二十二亦云：“今所存者为八景坛基。”祖宫凋零如此，其教之不振，可想而知。阁皂宗在明以后已经式微，三山符箓中只有龙虎宗仍在传承。