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镇以燕子坪自然村命名。清属东乡博爱里。解放前为燕子区。解放初为二区（燕子区）。1958年改卫星公社，1960年恢复燕子区。1975年撤区并社，分为燕子公社、荞云公社（由原荞云、清湖两个小公社合并而成，公社驻清湖）。1980年地名普查，因公社名称与驻地不一致，改名荞云公社更名为清湖公社。1984年撤社改区时，合并为燕子区。
1995年，燕子镇面积63.6平方千米，人口0.4万人，辖燕子、新行、成丰、朝阳、下油坪5个行政村；清湖乡面积51.9平方千米，人口0.3万人，辖清湖、湖坪、董家、车家4个行政村；东乡乡面积52.2平方千米，人口0.3万人，辖龙坪、东乡、茶店、楠木坪4个行政村；桃山乡面积33.9平方千米，人口0.2万人，辖桃山、百顺、三溪3个行政村；荞云乡面积60.3平方千米，人口0.3万人，辖荞云、响溪、大五里坪3个行政村；溪坪乡面积61.4平方千米，人口0.4万人，辖溪坪、菜坡、新寨、岩屋、石龙洞、瓦窑坪、北古荒7个行政村。
1996年撤区并乡，设立县辖燕子乡。2005年，乡政府驻燕子坪，人口2.3万人，面积370.3平方千米，辖燕子、新行、程丰、朝阳、下油坪、清湖、湖坪、车家、董家、龙坪、东乡、茶店、楠木、桃山、百顺、三溪、咸盈、红连、大岩、荞云、响溪、溪坪、菜坡、新寨、石龙洞、瓦窑坪、北古荒、大五里坪28个行政村。2013年，撤销燕子乡，设立燕子镇（鄂民政发[2013]52号）。
【2013年代码及城乡分类】4228****2燕子乡:～200 220溪坪村 ～201 220蔡坡村 ～202 220瓦窑村 ～203 220石龙村 ～204 220新寨村 ～205 220北古荒村 ～206 220龙坪村 ～207 220东乡村 ～208 220茶店村 ～209 220楠木村 ～210 220桃山村 ～211 220百顺村 ～212 220三溪村 ～213 220乔云村 ～214 220响溪村 ～215 220大五里坪村（夹沙） ～216 220红莲村 ～217 220咸盈村 ～218 220大岩村 ～219 220清湖村 ～220 220湖坪村 ～221 220董家村 ～222 220车家村 ～223 210燕子村 ～224 210新行村 ～225 220程丰村 ～226 220朝阳村 ～227 220油坪村 ～228 220芹草坪村