熵增的最终结局是整个宇宙的热寂，整个宇宙绝对零度，没有热能。根据能量守恒定律，热能转换成什么了呢？

好问题
根据目前前沿的猜想，质子也有半衰期，但未被证实，如果是，那么物质最终回完全以能量的形式散发在空间中
此时宇宙中物质为0，能量全部以光子的形式散发在宇宙空间，而光子就是电磁波，电磁波是有能量的，由于没有了物质，此时的电磁波不会再被吸收，只会无穷无尽传播下去
所以根据现有的猜测，熵增到终点的宇宙中只有电磁波悄然存在，时间没有了意义

你搞错了概念。
“热寂”的含义不是“整个宇宙绝对零度”，而是当宇宙的熵达到最大值时，宇宙中的其他有效能量已经全数转化为热能，所有物质温度达到热平衡的状态。
假设宇宙是开放的（目前的膨胀可以永远持续），那么热寂之后的宇宙其整体温度就会随着尺度的增加而下降，在无限久远的未来无限趋近于（但无法达到）绝对零度。