道教最高神尊是三清，但为什么作为最开始奉为道祖的

因为在早期，祖天师的时代还是奉太上老君，那时候还没有三清之说，后来到上清派立教，陶弘景做真灵位业图，这时候才有三清之说。
在教理来说，虽为三，实则为一，都是道炁的显化，一炁应化玄、元、始，也是应道德经里讲，道生一，一生二，二生三，三生万物之说。
早期道祖太上老君，也是大道的具象化，散则为炁，聚则为太上，所以说是三，实则是一，我们现在延续后来奠定的神系，奉三清为尊就可以了。