工程合同结算时对甲供材料的费用，是扣施工单位的钱还是不扣除？

甲供材料费的扣减主要看合同中相关规定，这是前提。
既然是扣除甲供材料费用，说明你与甲方的合同中包含了甲供材料的费用（数量*单价）。
一般情况下，对于施工单位有利的是，工程结算总数中包括甲供材料总费用，然后按照规定计取各类费用（主要是间接费），预算总数出来后再减去甲供材料量*单价。这样算法肯定是对施工方有利。
还有就是，有的合同规定了，甲供材料施工方只计取税金，你就不能按照上述方法计算。总之，这方面的合同约定很多。所以合同规定是前提。具体问题具体对待。