强烈的北海潮汐不能达到波罗的海,因而波罗的海缺少潮流,潮波也很小。水面因风暴而流动,强烈的东北风导致南海岸高浪,促成了沿海高水位;而优势的西南风有助于沿德国和波兰海岸的沙丘堆积,同时使波罗的海北部海岸水位高涨。波罗的海的表层环流呈气旋型,从南部沿岸自东向北,然后沿瑞典东岸向南又流到厄勒海峡,由厄勒海峡流出。流速约为5~20厘米/秒。在强风作用下,局部海区流向和流速会发生变化。近岸附近有时可达80厘米/秒以上,在开阔水域亦可增大到30厘米/秒。入海径流量较大时,表层水经厄勒海峡进入北海;而波罗的海的外海海水从大贝尔特海峡的深处流入,先沿南岸向东流,再沿东岸向北流,形成逆时针方向海流。
波罗的海的潮汐分为不正规半日潮、不正规全日潮和正规全日潮。潮差变化只有4厘米(克莱佩达)到10厘米(芬兰湾)。但受风、气压、径流和海水的交流等影响,非潮长周期波动(周期从几小时到几昼夜)可使沿岸水位发生巨大变化。由于气旋的移行,开阔海区的近岸区域水位变动可达50厘米以上,而在海湾靠近内陆的部分可达1.5~3.0米。1824年11月,列宁格勒的水位曾达到4.1米。
北大西洋水流的改变效力,在波罗的海几乎感觉不到。波罗的海之水所以寒冷,是由于这里的海水所含的盐分,只有其他海洋之水所含盐分的1/4,因而较易冰冻。欧洲1/5地面的水,经由250多条河流注入波罗的海,大量的淡水涌进来,而波罗的海之水经由狭隘通道排入北海的水又有限,因此这个海的水几乎是淡的。春季长期的冰冻,减缓春天气候的离去,而表面冰冻的缓慢扩展,则延长了秋天,甚至在波罗的海可以航行时,由于时常有强烈暴风雨和风力的突然改变,行船也是危险的。