《本草纲目》中李时珍将药物分成水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、鱼、鳞、介、禽、兽、人十六部。在草部下又分为山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、杂草、有名未用等类;谷部又分为麻麦稻、稷粟、菽豆、造酿四类;菜部又分荤辛、柔滑、蓏菜、芝栭五类;果部分五果、山果、夷果、味、蓏、水果六类;木部又分香木、乔木、灌木、寓木、苞木、杂木六类;虫部又分为卵生、化生、湿生等四类,鳞部又分为龙、蛇、鱼、无鳞鱼四类;介部又分为龟鳖、蚌蛤两类,禽部又分水禽,原禽、林禽、山禽四类,兽部又分为畜、兽、鼠、寓、怪五类。从其分类看,李时珍完全摒弃了上、中、下的三品分类法,采用的分类依据是习性、形态、性质、生态等。从实用的观点看,李时珍眼光开阔、善于创新。他对药物的考察非常深入仔细,常将具有相似疗效,今天看来是同科属的植物排列在一起。这固然是有不少同科属的植物含有相似疗效的化学成分,但也说明李时珍工作的深入。