在药物学方面,阿拉伯帝国的医生与药物学家做出了有益的尝试与大量的创新。他们善于使用复方制剂,主药、佐药与替代药巧妙搭配,首先开始将樟脑、氯化氨与番泻叶等作为药物加以使用;在他们的处方里,还出现了来自中国、东南亚、喜马拉雅山脉以及非洲的药物;而糖浆、软膏、搽剂、油剂、乳剂或脂等剂型,以及丸药的金、银箔外衣则是他们首创的,甚至今天西方医学界使用的“Syrup”(糖浆)、“Soda”(苏打水)等词汇,都是从阿拉伯语音译的。当时的医学百科全书或综合性医学书籍都留有专门的章节介绍药物以及处方药物的搭配。这部分章节系统地讲解了药物与处方的构成成分与配制的程序和步骤。
伊本·贝塔尔(ibn al’Baitar,1188?~1248年)是中世纪最伟大的药用植物学家,他编写了两部医药学著作《药物学集成》与《医方汇编》,堪称经典之作,其中药物是根据它们的治疗作用进行编排的,而且除了阿拉伯语名称之外,还加上了希腊语和拉丁语名称,从而促进了医药学知识在欧洲的传播。《医方汇编》的拉丁语译本的若干部分,1758年还曾在意大利的克雷默那出版。
穆斯林的药物学成就对欧洲具有不可或缺的影响,后来相当长时期内欧洲这方面的著作,主要就是在先前穆斯林著作的基础上编辑或是稍做改编而成的,例如约翰尼斯1250年完成的《Expositio Supra Nicolai Antidotarium》(分别于1495、1599和1602年在威尼斯出版)。阿尔巴诺(1306~1316在帕多瓦任教)的《Conciliator and De Venenorum Remediis》则是广泛承袭伊本·拉希德等人的著述。15世纪萨拉迪尼·阿斯科罗的《Compendium Aromatariorum》(药剂师手册),在形式和内容上深受穆斯林医学家伊本·西那等人的影响。而17世纪晚期出版的《伦敦药典》,在编列的药物分类和剂型种类上也反映出受到穆斯林药物学影响的程度。事实上,欧洲人使用的药典一直依赖穆斯林的著作与资料,直至19世纪晚期。