小鱼儿死亡后的遗体或是生活时遗留下来的痕迹,许多被当时的泥沙掩埋起来。在随后的岁月中,这些鱼儿遗体中的有机物质分解殆尽,坚硬的部分如外壳、骨骼等与包围在周围的沉积物一起经过石化变成了石头,但是他们原来的形态、结构(甚至一些细微的内部构造)依然保留着。通常如肌肉或表皮等柔软部分在保存前就已腐蚀殆尽,而只留下抵抗性较大的部分,如骨头或外壳。它们接着就被周围沉积物的矿物质所渗入取代。许多化石也被覆盖其上的岩石重量压平。同样,那些鱼儿生活时留下来的痕迹也可以这样保留下来。我们把这些石化的生物遗体、遗迹就称为化石。