衢江区历史悠久,前身是衢县,衢县建于东汉初平三年(公元192年),时名为新安,后又相继改名为信安、西安,民国元年始称衢县。
东汉初平三年(192年),分太末县置新安县。为衢县建县之始,仍属会稽郡。
建安二十三年(21年8),析新安县置定阳县。
三国吴国宝鼎元年(226年),新安县改属东阳郡。
晋太康元年(280年),因与弘农郡新安县同名,改新安为信安,因信安溪得名,一说溪以县得名,仍隶东阳郡。
南朝宋、齐、梁三代,信安县隶属不变。
陈永定三年(559年),置信安郡,领信安、定阳2县,隶缙州。
隋大业三年(607年),太末、定阳2县并入信安,隶东阳郡。
唐咸通中(860年-874年),改信安为西安,因西溪得名,仍隶衢州。
宋、元、明、清未曾改名先后隶属浙江西道、浙江东道、衢州路、龙游府、衢州府和金衢严道。
辛亥革命后(1911年11月7日),成立衢州军政分府,兼理县事。
民国元年(1912年)二月,废府,改西安县为衢县;民国三年(1914年),实行道制,衢县属金华道,并为道尹驻地;民国五年(1916年),裁道,翌年复设,道尹仍驻衢县;民国十六年(1927年),设第一特区县政督察专员公署,驻衢县;1935年9月24日,改第五行政督察专员公署,衢县仍为公属属址;1946年,专员公署与保安司令部合并,称浙江省第五行政督察专员兼保安司令公署,驻衢县;1948年,衢县属第三行政督察专员公署,属址移金华。
1949年5月6日,衢县解放,始设军管会,后建衢州专员公署。衢州市,专属仍驻衢州,县政府迁至樟潭镇;1951年,撤销衢州市,县府迁回衢县城区,专署驻衢县;1955年3月,衢州专员公署撤销,衢县属金华专区;1958年11月,常山并入衢县;1960年1月1日,龙游县并入;1961年,复置常山县;1979年9月,恢复衢州市,县、市并存;1981年4月,撤县并入市;1983年9月13日,龙游县析出,另立县治;1984年,辖区不变。
2001年12月10日,国务院批准(国函[2001]161号):撤销衢县,设立衢州市衢江区。将原衢县的云溪、太真、双桥、庙前、周家、灰坪、长柱、坑口、举村、岭头、洋口、横路12个乡和高家、莲花、峡川、杜泽、上方、廿里、后溪、湖南、大洲、樟潭、安仁、全旺12个镇以及衢州市柯城区的浮石、下张2个乡和石室乡的黄坛口村划归衢江区管辖。区人民政府驻樟潭镇。
2002年,衢江区辖12个镇、14个乡,509个行政村:上方镇、杜泽镇、廿里镇、后溪镇、大洲镇、湖南镇、峡川镇、莲花镇、全旺镇、高家镇、樟潭镇、安仁镇、太真乡、云溪乡、横路乡、庙前乡、灰坪乡、长柱乡、坑口乡、岭头乡、举村乡、周家乡、洋口乡、双桥乡、浮石乡、下张乡。
2006年1月5日,衢州市政府下发《关于衢江区部分乡镇行政区划调整的批复》:撤销樟潭镇、下张乡建制,合并设立樟潭街道办事处,由衢江区人民政府直辖;撤销浮石乡建制,设立浮石街道办事处,由衢江区人民政府直辖。