庆云县早在新石器时代就有人居住。
夏属兖州,商属蒲姑国,西周武王时属姜子牙,春秋时为齐国所属。
秦属齐郡。汉属渤海郡,三国时属乐安郡,晋属乐陵国,南北朝属乐陵郡。
隋开皇六年(586年)置县。元朝至元二年(1265年),无棣县并入乐陵县。
明洪武六年(1373年),明成祖朱棣避讳改西无棣县为庆云县。
清代庆云县东西广45里,南北袤55里。
民国初期,庆云县面积约为560平方公里。1945年庆云解放后面积为588平方公里。
中华人民共和国成立后,1970年,面积为502平方公里。1984年,庆云县改乡镇建制。1993年,庆云县16个乡镇并为11个乡镇,2000年并为8个乡镇,2005年增设渤海路街道办事处。2010年7月东辛店设镇至今。