据《宋高僧传》卷十二、《景德传灯录》卷十六等记载,义存(822一908年),俗姓曾,泉州南安人。9岁请出家未准,12岁从父游莆田玉涧寺出家,拜庆玄律师为师,17岁落发,谒福州芙蓉寺灵训禅师。28岁往幽州宝刹寺受具足戒,后到武陵德山(今湖南常德)参拜宣鉴法师,承其法系。咸通十一年(870年)到雪峰,当地绅士兰文卿许他在大枯树下结庵修行,称枯木庵。唐僖宗赐号“真觉大师”,并赐紫袈裟。义存的弟于有文偃、师备等56人。文偃(?一949年)禀承宗风,往韶州云门山创立了禅宗新派别——云门宗。师备(837-908年)到福州玄沙院弘法,其再传弟于文住金陵清凉寺,从者云集,创立禅宗另一派别——法眼宗。因此,后人把崇圣寺视为云门、法眼宗的发源地。
宋太平兴国三年(978年),赐名雪峰崇圣禅寺,一直沿用至今。 该寺胜进法师于1938年到马来西亚弘法,在怡保建“东莲小筑”, 作为雪峰下院,并时时拨款回寺修建。抗战期间,寺遭炮轰,天王殿也被台风吹毁。1980年后,陆续进行重建。
明永乐二年(1404年)和清光绪十三年(1887年),崇圣寺住持法庵和达本禅师两次主持重兴。1928年,圆瑛法师住持崇圣寺,又加以修葺。抗日战争时期,大维宝殿毁于日军炮火,天王殿也被台风所毁,到中华人民共和国成立,寺庙几成废墟。1979年起,政府批准崇圣寺作为佛活动场所重新修复开放。在海内外僧众和信徒的资助下,天王殿、大雄宝殿得以重建,山门、法堂、斋堂、鼓楼、钟楼也得到修复。殿堂内,佛像庄严,雕塑精湛。整座寺庙焕然一新.庄严宏伟。殿前的对联为:
开东土有二宗,法眼云门五派灵源通性海;
称南方第一寺,垂柽枯木千秋胜迹镇名山。