黄仁宇1918年生于湖南长沙,父亲黄震白曾加入同盟会当基金成员,但并不是核心人物。
黄仁宇早年在家乡生活,在长沙市第一中学毕业后,1936年入读天津南开大学电机工程系(1936年~1938年)。 他自十四五岁起就开始向当地报纸投稿,写作热忱自此从未间断,当时的《湖南日报》副刊,连续登载他写的世界名人传记,每篇都有他自己手描的人物画像;18岁考上天津南开大学;抗战开始,他投笔从戎;战后负笈美国,以34岁的“高龄”从大学三年级读起,先念新闻系,后转至历史系,1954年大学毕业,其后又在该校继续上研究所,分别于1957年和1964年获得硕士和博士学位;因多年没有新著问世,在62岁时被纽约州立大学纽普兹分校从正教授的职位上解聘。具有戏剧性效果的是,在他被解聘后的第二年,他的屡屡碰壁的《万历十五年》由耶鲁大学出版社印行,并由当时美国名作家厄卜代克(John Updike)在New Yorker杂志撰写书评推荐,1982和1983年该书获得美国国家书卷奖(American BookAwards)历史类好书两次提名。翌年《万历十五年》中文版在北京出版……从此黄仁宇的著作一部接一部地出版,几乎每本都受到热烈追捧,作品普遍受到注目,从早期的英文论著,到后期的中文论著,都有不少学者撰写书评评介,以致一时黄书走红,有人开始筹办黄学研究会,并申请创办《黄学研究》学术丛刊。
1979年他离开教学岗位,专心写作,先后出版了《万历十五年》、《中国大历史》,以“大历史观”享誉华人学界。2000年1月8日病逝于纽约上州的医院中,享年82岁。