1947年,南怀瑾去了上海。期间,杭州灵隐寺的巨赞法师被国民党特务列入黑名单并计划暗杀,罪名是巨赞法师、陈铭枢、虚云大师等人向共产党靠拢,同共产党有关系。巨赞法师得到这个消息后,便来找南怀瑾求救,南怀瑾问到底巨赞和共产党是什么关系。巨赞说已经与共产党联系上了,目的是留下来和共产党合作,共同保护佛教。南怀瑾听说巨赞要保护佛教,认为这个想法很好,这个忙一定要帮,一定要救巨赞一命。
南怀瑾立即奔赴南京,找到当时的保密局任负责人的郑介民。南怀瑾同郑介民是属于私底下还是能说上话的。当时南怀瑾就说:“灵隐寺住持巨赞法师不能杀,请手下留情,放他一命,巨赞是要留下来和共产党共同保护佛教,最好和共产党联系下。”待到郑介民口头应允不杀巨赞后,南怀瑾不放心,要求写下一张手令,拿回去,交给保密局杭州站站长,最终救下巨赞一命。