本草纲目的故事于行医的十几年中,李时珍阅读了大量古医籍,又经过临床实践发现古代的本草书籍 “品数既烦,名称多杂。或一物析为二三,或二物混为一品”(《明外史本传》)。特别是其中的许多毒性药品,竟被认为可以“久服延年”,而遗祸无穷。于是,他决心要重新编纂一部本草书籍。从三十一岁那年,他就开始酝酿此事,为了“穷搜博采”,李时珍读了大量参考书。家藏的书读完了,就利用行医的机会,向本乡豪门大户借。后来,进了武昌楚王府和北京太医院,读的书就更多,简直成了“书迷”。他自述“长耽嗜典籍,若啖蔗饴”(《本草纲目》原序)。顾景星在《李时珍传》里,也赞他“读书十年,不出户庭,博学无所弗瞡”。他不但读了八百余种万余卷的医书,还看过不少历史、地理和文学名著及敦煌的经史巨作连数位前代伟大诗人的全集也都仔细钻研过。
他还从中摘录了大量有关医药学的诗句。而这些诗句也确实给了他许多真实有用的医药学知识,帮助他纠正了前人在医药学上的许多谬误。如古代医书中,常常出现“鹜与凫”。它们指的是什么?是否有区别?历代药物学家众说纷纭,争论不休。李时珍摘引屈原《离骚》中的“将与鸡鹜争食乎”,“将泛乎若水中之凫乎”两句,指出诗人把“鹜”与“凫”对举并称,就是它们不是同一种禽鸟的明证。他又根据诗中对它们不同生活环境的描绘,证明“鹜”是家鸭,“凫”是野鸭子,药性不同。屈原的诗赋,竟成了李时珍考证药物名实的雄辩依据。 在编写《本草纲目》的过程中,最使李时珍头痛的就是由于药名的混杂,使药物的形状和生长的情况十分的不明。过去的本草书,虽然作了反复的解释,但是由于有些作者没有深入实际进行调查研究,而是在书本上抄来抄去在“纸上猜度”,所以越解释越糊涂,而且矛盾倍出,使人莫衷一是。例如药物远志,南北朝著名医药学家陶弘景说它是小草,象麻黄,但颜色青,开白花,宋代马志却认为它像大青,并责备陶弘景根本不认识远志。又如狗脊一药,有的说它像萆薢,有的说它像拔葜,有的又说它像贯众,说法极不一致。类似此情况很多,李时珍不得不一次又一次地搁下笔来。这些难题该怎样解决呢?
在他父亲的启示下,李时珍认识到,“读万卷书”固然需要,但“行万里路”更不可少。于是,他既“搜罗百氏”,又“采访四方”,深入实际进行调查。 李时珍穿上草鞋,背起药筐,在徒弟庞宪、儿子建元的伴随下,远涉深山旷野,遍访名医宿儒,搜求民间验方,观察和收集药物标本。