据说慈宁宫在第一位孝庄太后去世之后,就没有人再入住里面,这是因为入住的太后以及妃子们说能在慈宁宫里面听见奏乐的声音,而且有的还说能在慈宁宫的墙上看到来往走动的宫女和太监。
甚至有说法,说慈宁宫里有一口井,在白天向井底看的时候,看到的是杂草以及石头,但如果是晚上向井里看时,井底就会有水,但是井水这是倒影的却不是自己的脸,所以这些传说越说越恐怖,就导致之后的太后以及妃子们都不太愿意住在慈宁宫,当然他们向皇帝的说法是自己的身份过于低所以不能压住这座太后宫殿,纷纷请求皇上给他们另赐宫殿。
慈宁宫住的第一位就是孝庄太后,她嫁给皇太极之后生下了顺治帝,而在顺治死后,也辅佐了康熙登上帝位。在康熙开始处理政事后,孝庄太后就在慈宁宫里安享晚年,康熙帝对孝庄太后非常的孝顺,曾经在太后病情严重时,康熙帝甚至为了祖母而放弃了自己无神论的习惯。举行祭祀等仪式,并且向上苍祷告,愿意以自己的寿命来换取祖母的健康。尽管后来康熙帝想要把这座宫殿作为孝庄太后的奉殿,但是还是被大臣们劝阻了下来。但孝顺的康熙还是选择折中的方式,将部分宫殿里的木材拆下,在太后陵地附近建了一个一模一样的宫殿。
后来慈宁宫基本上就没有常住在此的太后或者妃子,它的作用也逐渐变成了举行册封等重要礼仪的场所。