《医学源流论》共收集评论文章九十九篇。上卷为经络脏腑、脉、病、方药,下卷则治法、书论(并各科)、古今。纵横捭阖,触及之处,每有新见,发前人之未发,言常人所不敢言,尤针砭时弊甚多,论述道理深湛。
此书颇多先进之论,例如作“治人必考其验否论”,指斥“今之医者,事事反此,惟记方数首,择时尚之药数种,不论何病何症,总以此塞责,他认为,“若医者能以此法(效验)自考,必成良医;病家以此法考医者,必不为庸医之所误。”是颇具‘实践检验”为标准之义。种人痘法本非传统,当时推行尚多阻力,徐氏却具真知灼见,指出有“九善”(九大好处),作不遗余力之提倡。
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